La animación narra la historia de Peter Parker, un joven al cual una picadura de araña le aporta superpoderes arácnidos y tendrá que aprender a equilibrar sus responsabilidades como estudiante universitario, trabajador como fotógrafo en el periódico Daily Bugle y su doble identidad como Superman. Sumado a esto, el joven Parker cuida de su anciana tía May Parker.
El superhéroe de Nueva York debe evitar que villanos ataquen la gran ciudad, luchando con personajes como el Dr. Octopus, Lagarto, Gata Negra o el maestro de la hipnosis, Mysterio.