Uryu Kamihate, un joven que ha enfrentado una vida difícil, sueña con convertirse en médico. Sin embargo, al llegar a su nuevo hogar adoptivo, un santuario en activo, su vida da un giro inesperado. Allí conoce a las tres hermosas hermanas Amagami, con quienes deberá convivir, y pronto descubre que su destino está entrelazado con el futuro del santuario de manera mucho más profunda de lo que imaginaba.
Para su sorpresa, Uryu se entera de que debe casarse con una de las hermanas Amagami y asumir la responsabilidad de dirigir el templo familiar. Este nuevo desafío pone en duda sus aspiraciones de estudiar medicina, mientras se enfrenta a la encrucijada de equilibrar sus sueños personales con las expectativas impuestas por su nueva familia.