La trama gira en torno a la vida de Anakin Skywalker y su maestro Obi-Wan Kenobi. Asajj Ventress es una cazarrecompensas enviada por el Conde Dooku para asesinar al joven e inexperto Anakin Skywalker. Así, podemos ver por un lado la continua persecución de esta mujer y, por otro, cómo Obi-Wan Kenobi enseña a su pupilo a ser un auténtico jedi.
Esta ficción es la versión animada de la saga cinéfila. Se ambienta durante las Guerras Clon, el periodo de tiempo que enfrenta a la República galáctica, con el Canciller Palpatine como líder, y la Confederación de Sistemas Independientes que está encabezada por el Conde Dooku. Tomando como referencia las películas, estos sucesos se desarrollan entre el final de Episodio II: El Ataque de los Clones hasta que comienza el Episodio III: La Venganza de los Sith.
Star Wars: La guerra de los clones cuenta con las voces de Mat Lucas, James Arnold Taylor y Tom Kane para dar vida a los tres protagonistas: Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y Yoda. Además, esta animación fue producida por Cartoon Network Studios en asociación con Lucasfilm. Se emitió entre los años 2003 y 2005, tuvo tres temporadas y un total de 25 episodios.