Peter Lattimer (Eddie McClintock ‘Bones’) y Myka Bering (Joanne Kelly), dos agentes secretos de EE.UU, salvan la vida del presidente del país. En recompensa por su gran hazaña se les encarga una importante misión: Custodiar el almacén 13.
Parece una tarea fácil de desempeñar, sin embargo el almacén escondido en Dakota del Sur, es propiedad del gobierno y alberga en su interior algo misterioso. Lo que le caracteriza y le hace extremadamente peligroso es que en él se recopilan objetos sobrenaturales y fantásticos. Elementos enigmáticos que no pueden ser descubiertos por la humanidad y llevan años guardados debido al daño que pueden causar.
Peter, espontáneo e intuitivo y Myka, seria y entregada ante el trabajo, se encuentran bajo el mando de Arthur Nielsen (Saul Rubinek, ‘Family Man’), el encargado del almacén 13, un antiguo criptógrafo enamorado de su trabajo. Juntos ayudarán a reunir los artefactos restantes que amenazan la humanidad y a registrar la aparición de nuevos buscando rastros de actividad paranormal.