Yu-Gi-Oh! nos presenta a Yugi Muto, un estudiante de secundaria que comparte su vida con su mejor amiga Anzu. Muto ha recibido por parte de su abuelo un artefacto proveniente de Egipto conocido como el Puzzle Milenario, que se corresponde con uno de los siete objetos milenarios que había encontrado en una de las muchas expediciones arqueológicas que realizó.
Después de ocho años, cuando está a punto de completar el rompecabezas, lee una inscripción que decía que quien lo completase se le concedería un deseo. Yugi lo completa y pide su deseo que es tener amigas, pero al poco tiempo Jonuchi e Hiroto roban la pieza.
Yugi se la pide, pero estos se niegan, aunque más tarde se la devuelven. Tiempo después Yugi es poseído por otra personalidad, que más tarde descubre que es un espíritu de más de cinco mil años de edad, al cual se le conoce como Yami. ¿Podrá Yugi librarse de ese espíritu que posee su cuerpo?