El Pato Darkwing se centra en un superhéroe del mismo nombre que lucha por el bien en su ficticia ciudad, San Canario. En sus aventuras le acompañan su ayudante, Joe McQuack y su hija adoptiva Gosalyn, quien le trae de cabeza durante sus casos. Como todo superhéroe, Darkwing necesita un alter-ego: Drake Mallard, residente en una ciudad tranquila. Padre e hija conviven pero no es fácil, y Gosalyn se apoya en su amigo genio Gansi Pataloca.
Darkwing está decidido a usar sus poderes heróicos para hacer el bien y ayudar a quien lo necesite en San Canario, pero su deseo de fama y atención suelen complicarle sus misiones. El héroe pato tiene que dejar su gran ego atrás para poder triunfar y relucir su naturaleza bondadosa.