'Los pingüinos de Madagascar' gira en torno a Skipper, Kowalski, Rico y cabo los pingüinos de la película 'Madagascar'. Viven en el zoológico de Central Park pero eso es lo que exactamente quieren que piense la gente debido a que en realidad son una fuerza de ataque de élite con habilidades de comando y un cuartel general secreto. Su misión es mantener el orden en el zoológico. Su archienemigo se trata nada y menos que de el Rey Julien, autoproclamado el Rey de los Lemures, nuevo en el zoo y el que busca cambiar las cosas.
En cuanto a Skipper es el líder del grupo y actúa como un verdadero veterano de guerra. Kowalski es el estratega, genio científico e inventor del grupo, además de ser el segundo al mando. Rico es el especialista en armas y explosivos además de ser el psicópata del equipo. Cabo es el más joven, bajito y adorable del grupo y es frecuentemente usado como conejillo de Indias. En cambio, el Rey Julien es el fiestero y egocéntrico que amaa la fiesta, la música y bailar; y Maurice es el consejero del Rey Julien y se trata de un aye-aye, aunque por lo general siente desprecia hacia el Rey, es el más leal y tiene un fuerte sentimiento de amistad hacia él.
La serie está creada por Tom McGrath ('Space Jam'), Eric Darnell, Mireille Soria y no va específicamente antes o después de la película en la que salen los famosos personajes.
