Samurai Jack cuenta la historia de un joven príncipe cuyo imperio ha sido destruido por un demonio caído de los cielos llamado Aku. Jack consigue huir de la destrucción y dedica el resto de su vida a entrenarse para poder recuperar su reino y derrotar Aku, vengando así la muerte de todo su pueblo. Portando una katana mágica que pertenecía a su padre, desafía a Aku a un duelo y cuando está a punto de vencer, el demonio abre un portal al futuro y envía allí al samurái.
Así, el protagonista llega a una tierra futurista dominada por Aku y sus secuaces. En su primer enfrentamiento consigue en nombre de "Jack", y aunque realmente él no se llama así, permite que los demás lo crean. Lucha tras lucha y batalla tras batalla, Jack comienza a recorrer el mundo ayudando a todos los que lo necesitan mientras busca la forma de vencer de nuevo al peligroso demonio que gobierna la tierra.
La serie ha sido creada por Genndy Tartakovsky, que también ejerce como guionista y productor ejecutivo. Las cuatro primeras temporadas corren a cargo de Cartoon Network Studios mientras que la quinta viene de la mano de Adult Swim.