Black Lagoon nos muestra cómo la vida de una persona puede dar un giro radical. Rokuro Okajima es un prestigioso empresario de la ciudad. Un buen día es secuestrado por unos piratas del barco Black Lagoon, y lejos de buscarle, su empresa le da por muerto.
Es entonces cuando Okajima se une a sus captores y pasa a formar parte de su banda. La Compañía Lagoon le acepta como nuevo miembro, mientras que Rock prepara un plan de ataque contra un helicóptero que parece haber secuestrado al barco pirata.
Lo que Rokuro no sabe es que va a saber de buena tinta lo que es una lucha naval. Pocos días después de su captura, los piratas rivales dirigidos por Luak se enfrentan a sus tropas en medio del mar, con la ayuda de un gánster llamado Chin Iures Dutch.
Aunque salieron victoriosos de la batalla contra Luak, no le espera nada bueno al Black Lagoon. El barco pirata enfrascado en una misión para poder encontrar una pintura bastante valiosa que se encuentra hundida en un submarino, unos neonazis asedian el barco con misiles. ¿Qué pasará con toda la tripulación?
