Basada en la homónima película de 1978, la serie de animación de El ataque de los tomates asesinos se ambienta cinco años después de El retorno de los tomates asesinos donde los tomates están prohibidos por todo el mundo. Sin embargo, esto no quita que el Dr. Putrid T. Gangreen haya realizado sus experimentos con ellos.
El objetivo final de Gangreen es el de hacerse con el mundo pero su experimento más exitoso puede muy bien ser su ruida. Tara Boumdeay, un tomate convertido en humano, huye y se lleva a su ‘hermano’ haciéndole pasar por un perro. En su aventura se encontrarán con Chad Finletter, consiguiéndole un trabajo en una pizzería y ayudándola a encubrirles sobre su verdadera identidad.