Saint Seiya: The Lost Canvas nos traslada a un pequeño pueblo de Italia, 250 años antes de los aconcimientos de Sant Seiya. Allí se encuentran Tenma, Alone y su hermana Sasha, tres niños huérfanos que gracias a su amistad han conseguido sobreponerse a todos lo que la vida le ha puesto por delante. Pero cuando adoptan a Sasha, Alone y Tenma se encuentran bastante solos en el pueblo.
El Caballero Dorado de la Libra ve en Tenma un talento insuperable para la maestría de su cosmos, por lo que decide llevarla al Santuario para entrenarla. Es aquí donde Tenma y Sasha se reencuentran, puesto que esta última es la reencarnación de Atenea y cuya misión en el santuario es ser protegida por los caballeros.
Años más tarde, Tenma se convierte en el Caballero de Bornce de Pegaso y mientras asiste a una expedición de los caballeros a Italia para investigar el posible regreso del enemigo jurado de Atenea, el dios del Hades muerto, descubre cual es su pueblo, su fuego y su sangre.
Por otro lado Alone no lo está pasando nada bien. El reencuentro con Tenma y Sasha no es como se lo imaginaba en absoluto puesto que se ha convertido en Hades, el principal enemigo de Sasha, por lo que a nadie le agrada su presencia. Tiempo después y debido a esto, se declara la guerra santa.