Después de rescatar a Lana, Clark descubre que la tormenta ha enterrado vivo a su padre junto al reportero que ha descubierto su secreto. Mientras tanto, Lex se siente culpable de lo que le ha ocurrido a su padre.
S02E02 - Calor
Clark debe ocultase tras descubrir un nuevo poder que rápidamente se torna fuera de control y accidentalmente lastima a Lana. Sin embargo, cuando una nueva profesora utiliza feromonas mejoradas con kryptonita para convencer a Lex de casarse con ella y hechizar a Jonathan, Clark busca una manera de controlar su nuevo poder a tiempo para evitar que Jonathan asesine a Lex.
S02E03 - Duplicidad
Después de que uno de los amigos de Clark descubra la nave espacial en el maizal, Clark se enfrenta a los deseos de sus padres y revela su secreto, pero es sorprendido cuando la reacción que obtiene le hace cuestionar la lealtad de su amigo.
S02E04 - Rojo
La escuela utiliza, sin saberlo, kryptonita roja en los anillos de clase y su efecto en Clark sorprende a sus amigos, cuando se convierte en un rebelde y peligroso adolescente que decide usar los poderes para hacer el mal. Jonathan y Martha luchan por descubrir la verdad del comportamiento de Clark antes de que exponga su verdadera identidad, mientras Lana se encuentra atraíada hacia el nuevo Clark, quien declara su amor por ella.
S02E05 - Nocturno
Lana, Pete y Clark intentan salvar la vida de Byron, un joven poeta al que sus padres mantienen encadenado en el sótano de su casa desde que sus sistemas neurológico y supra-renal se vieran afectados por un tratamiento experimental al que fue sometido en su niñez.
S02E06 - Renacer
En menos de dos días, dos amigos de Clark mueren a causa de una extraña progeria que no puede detectarse cuando les practican las autopsias pertinentes. Atando cabos, Chloe descubre que ambos jóvenes estuvieron con la misma chica momentos antes de fallecer, y después de comentárselo a Clark, ambos deciden investigar el pasado de su nueva y misteriosa compañera de aula.
S02E07 - Genealogía
Una misteriosa mujer aparece en Smallville diciendo que es la madre biológica de Clark. Esto obliga a los Kent a contarle la verdad a Clark. Clark descubre por qué su padre odia a los Luthor, cómo fue su adopción y quién salvó a Lex de la muerte.
S02E08 - Ryan
Clark usa sus poderes para salvar a su joven y telepático amigo Ryan de las manos de un malvado doctor que quiere controlar las habilidades del muchacho. Mientras, Nell le dice a Lana que van a mudarse a Metrópolis.
S02E09 - Dicótico
Clark intenta advertir a Lana y a Chloe sobre Ian, un 7 estudiante que está saliendo con las dos chicas a la vez. Ellas acusan a Clark de celos y más tarde, se dan cuenta de que Clark tenía razón. Mientras tanto, Lex está muy enfadado con su padre y pierde los estribos cuando destroza el coche de un vigilante de seguridad del parking. Lex decide ir a una clase de control de temperamento donde conoce a una mujer muy interesante.
S02E10 - Los mutantes
Clark y Pete van a hacer motocross. Clark se cae en una cueva y descubre dos tesoros: escrituras indígenas antiguas con la clave de su identidad y una hermosa muchacha que cree que es su alma gemela. Desesperado por conservar las escrituras, Clark provoca un enfrentamiento entre padre e hijo cuando pide ayuda a Lex para evitar que la constructora de Lionel demuela las cuevas.
S02E11 - Apariciones
Whitney regresa a casa para retomar su relación con Lana, pero su comportamiento, bastante sospechoso, hace que Clark se cuestione sus verdaderos motivos, revelando, finalmente, la verdad. Lex comienza a sospechar de su nueva novia cuando descubre una foto de ella con Lionel.
S02E12 - La insurrección
Después de que Lex descubre que Lionel ha instalado cámaras ocultas en la mansión. Lex contrata a un matón para tener vigilancia en la oficina de Metrópolis de Lionel. Sin embargo, la situación estaba fuera de control cuando Lionel y Martha sorprenden a los intrusos y los toman como rehenes. Desperado por buscar una manera de salavar a su madre sin exponer sus poderes, Clark intenta acceder a la oficina por el edificio adyacente de un solo salto.
S02E13 - El sospechoso
Tras el disparo que recibe Lionel, Jonathan es arrestado. Clark y Pete realizan su propia investigación sobre el lugar del crimen y descubren que fueron dos personas las que intentaron herir a Lionel. Mientras, Lana desconfía de su padre, que es abogado, ya que rechaza la petición para defender a Jonathan.
S02E14 - Euforia
Un parásito infecta a Pete y a Chloe y les hacer ser atrevidos y amantes de lo arriesgado. Pete utiliza las rocas del meteorito rojo para convencer a Clark de ir todos juntos en busca de una aventura peligrosa. Clark, no sólo hace alarde de sus poderes, sino que también, besa a Chloe en presencia de una Lana, que no da crédito de lo que está viendo.
S02E15 - El hijo pródigo
Lex está buscando a Lucas, el hijo de Lionel que dio en adopción. Cuando lo encuentra, lo lleva a casa con la esperanza de que puedan reconciliarse y unirse de nuevo. Pero las intrigas de Lionel ponen en peligro a los tres, Lex los abandona y se pregunta de quién puede fiarse. Mientras, Clark decide aceptar un trabajo en el Talon.
S02E16 - Fiebre
Marta está enferma por la polvareda de meteoritos. Clark y Jonathan intentan ayudarla, pero Clark termina infectándose y decide investigar por qué ocurre. Solo un milagro puede salvar a Clark y a su madre. Mientras, Lex se enfrenta a sus sentimientos hacia Helen pero ella se plantea aceptar un puesto de trabajo muy atractivo en una investigación fuera de la ciudad.
S02E17 - La piedra Rosetta
Clark sigue intentado averiguar sus orígenes. Para ello viaja hasta Nueva York para conocer al Doctor Swann, un científico brillante que tiene un mensaje para Clark sobre su planeta de nacimiento. Mientras, Lana decide dejar de vivir en la casa de Chloe después de que las dos chicas se metan en los asuntos de Clark.
S02E18 - El visitante
Cyrus Krupp, compañero del colegio de Clark, afirma que es un alien y lo intenta probar con una corazonada. Clark investiga y empieza a creer que ese chico también es de su mismo planeta de origen, Krypton. Mientras, Helen descubre que hay alguien encerrado en la mansión de los Luthor. Lex duda sobre la veracidad de la investigaciones que está llevando a cabo Clark.
S02E19 - Precipicio
Otro estudiante agrede a Lana, Clark pierde el control y termina hiriendo al agresor. Los Kent son demandados y corren el riesgo de perder la granja. Es entonces cuando Clark se cuestiona sus poderes mientras intenta encontrar una forma de solucionar todo antes del juicio.
S02E20 - El testigo
Clark es testigo de un robo en la empresa de los Luthor. Unos ladrones entran para llevarse la kryptonita y Clark se queda tan sorprendido que no puede detenerlos. Los cacos tienen tanta fuerza como Clark. Para evitar que Clark acuda a la policía, los ladrones atacan a Jonathan y a Marta y dejan a Clark sin fuerzas y un tanto desesperado por no poder salvar a sus padres.
S02E21 - Clonación
Lana recibe la visita del fantasma de una amiga de su infancia y le pide a Clark que le ayude a descubrir la verdad sobre la extraña visita. Clark descubre que la chica es, en la actualidad, una procesadora de clones de Kryptonita. Clark deberá darse prisa para salvar a Lana antes de que la hiera.
S02E22 - La llamada
El doctor Fredrick Walden, un famoso lingüista que fue herido mientras estudiaba unas cuevas, despierta de un profundo coma. Se dan cuenta de que posee unos fantásticos poderes y le envían a una misión. Mientras, Lana ayuda a Clark a celebrar su cumpleaños de una forma muy especial. Lex y Helen tienen muchas dudas y mucho estrés porque están preparando su boda.
S02E23 - El éxodo
Clark descubre algo sobre sus orígenes y se enfrenta a la disyuntiva de su vida. Por otro lado, Clark y Lana toman la difícil decisión de romper su relación con Chloe. Lionel vuelve para acabar con el misterio de las escrituras de la cueva. La boda de Lex y Helen se acaba convirtiendo en un acontecimiento dramático.
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