The Master es una serie centrada John Peter McAllister (Lee Van Cleef), un veterano estadounidense que se quedó en Japón después de la Segunda Guerra Mundial y se convirtió en un maestro ninja. La historia comienza con un anciano McAllister que deja Japón por los Estados Unidos en busca de una hija que no sabía que tenía. Este abandono de su vida ninja es visto como una deshonra por sus compañeros ninjas, incluyendo a su antiguo alumno, Okasa (Sho Kosugi), quien intenta asesinarlo. Una vez en Estados Unidos, McAllister viaja al pequeño pueblo de Ellerston, donde cree que reside su hija. En el camino, se encuentra con un vagabundo llamado Max Keller, que ayuda al maestro ninja en una pelea en un bar. Keller quiere aprender a luchar como un ninja, pero McAllister es reacio a entrenarlo; sin embargo, acaba aceptando que el vagabundo sea su alumno.
McAllister y Keller compartirán numerosas aventuras viajando por el país en busca de la hija del primero, ya que constantemente hacen un alto en su camino para ayudar a gente que lo necesita, haciendo uso de sus habilidades ninja.