Kuzco es un emperador adolescente al que todavía no se le permite gobernar hasta que se gradue en la Academia Kuzco. Es un vago, perezoso alumno y está en peligro. Debe de tener cuidado cuando se cruce con la malvada Yzma que intentará evitar a toda costa que Kuzco consiga llegar a ser emperador mediante pociones máginas y su fiel serviente el gigante Kronk. Pero Kuzco no estará sólo y vivirá numerosas aventuras en las que deberá hacer frente a los peligrosos planes de Yzma junto a sus amigos que harán todo lo posible para que la malvada bruja no se salga con la suya.
La principal villana de la serie es la directora del colegio de Kuzco, Yzma, o cómo se hace llamar en la escuela, Amzy. Yzma es una mujer excéntrica y ambiciosa que desea todo el poder del que goza Kuzco, por lo que planea acabar con su vida. Para ello, cuenta con la ayuda de Kronk, un amigo del emperador, un poco ingenuo y que no comparte los planes malévolos de Yzma. Además de Kronk y Kuzco, Malina también va a la escuela con los chicos y tiene revolucionado el corazón del joven emperador.