A las pocas semanas del estreno de Batman y Robin, dos jóvenes guionistas Lee Shapiro y Stephen Wise se reunieron con Greg Silverman, por entonces un joven ejecutivo, quien les pidió nuevas ideas para continuar la franquicia de Bruce Wayne.
Batman: DarKnight nació como una respuesta a la cinta anterior, tratando de alejarse lo máximo posible de ella. Ambos pretendían contar de nuevo con George Clooney y Chris O'Donnell como los protagonistas, pero la historia estaría centrada en el segundo mientras Bruce Wayne permanece recluso tras lo ocurrido en Batman y Robin.
El joven aprendiz conocería en la Universidad a un profesor que no es otro que El Espantapájaros, alguien que sufre una enfermedad que le impide sentir dolor físico. Robin/Dick Grayson no dudaría en enfrentarse a él durante una clase, lo que provocaría el enfado del villano que le secuestraría, torturaría y encerraría en Arkham. El segundo villano de la cinta sería Man-Bat, un compañero de clase de Dick a quien este también enfadaría y que también habría sufrido a manos del malvado profesor.
La idea de Saphiro y Wise era hacer una trilogía cuyo punto de inicio fuese el final de DarKnight, cuando el joven Dick libera a todos los prisioneros de Arkham provocando que uno de los doctores termine en coma, y se acabe convirtiendo en Harley Quinn. La tercera cinta seguiría a Robin y su conversión en Nightwing ayudando a Batman a proteger Gotham de Killer Crock y Clayface.
